元北教組書記長・副委員長で、札幌地区労働組合協議会議長を長年務められ、1997年に他界された越智喜代秋さんが、遺言で遺産の一部をNPO活動に寄贈する旨意思表示されました。NPO推進北海道会議は、越智喜代秋さんの意志を受け継ぎ、1999年「NPO越智基金」を設立、2002年12月「北海道NPO越智基金」としてNPO法人格を取得しました。
2002年の法人化以来、2021年末までに、1億3700万円を北海道のNPOに助成しました。なかでも創設当時からの基金である「越智基金」は、1999年から2021年までに、489件、総額3,183万円の助成を実施し、NPOの活動の発展に寄与しています。
2011年3月さらに幅広く市民活動を支援するファンドとして活動を進めるため、「北海道NPOファンド」と名称を改めました。市民（個人・団体）のさまざまな希望に沿った基金を造成します。
2016年に認定NPO法人となり、寄付者の方が税制優遇措置を受けられるようになりました。